使用rm命令需要格外小心，因为一旦删除，就无法恢复
为了防止误删，我们可以手动创建一个回收站

1.创建回收站文件夹

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mkdir /home/username/.trash

2.重写rm命令

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vi ~/remove.sh
# 写入
 PARA_CNT=$#               # $#:传给脚本的参数个数
 TRASH_DIR="/home/username/.trash"     
 for i in $*;              # $*:以一个单字符串显示所有向脚本传递的参数
 do
   STAMP=`date +%s`
   fileName=`basename $i`  # basename $i:删除文件目录，只留文件名称
   mv $i $TRASH_DIR/$fileName.$STAMP   
 done

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# 赋予remove.sh可执行权限
chmod +x remove.sh  

3.在bashrc中重写rm命令

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vi ~/.bashrc
#写入
 alias rm="sh /home/username/remove.sh"

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# 使生效
source ~/.bashrc           

4.每天定时清理回收站

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crontab -e  # 编辑定时任务
# 写入
 0 0 * * * rm -rf /home/username/.trash/*   # 每天0点清空回收站

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# 查看定时任务
crontab -l  

基本原理

经典成核理论（Classical nucleation theory，CNT）是用于研究成核现象的理论模型。

CNT是建立在成核动力学理论的基础上的，解释了当分子i从气相转移到半径为r的i-mer簇时，系统的吉布斯自由能是如何变化的。这种转变过程被称为气体到粒子的过程。气溶胶形成的吉布斯自由能变化(ΔG)是从蒸汽到团簇的化学势变化，产生团簇表面的自由能，以及溶质分子的溶剂化能的总和，写为

其中k_B是玻尔兹曼常数，T是温度，P_r是曲面的蒸气压，P₀是周围环境的实际蒸气压，V₁是单分子的体积，r是团簇半径，σ是表面张力，ΔG_sol是溶质分子的溶解能。

引入相对湿度（RH）和开尔文方程，方程可改写为

P_sat平面的饱和蒸汽压，σ可以从MD模拟得到。

与Molecular Dynamics（MD）结合

接下仅是记录求成核能垒的过程

V₁可以利用Multiwfn软件求到：谈谈分子体积的计算 - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元 (sobereva.com)

RH可以自己设定值，如：0.8、0.9、1.0、1.5等

ΔG_sol由Gaussian软件计算得到：谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算 - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元 (sobereva.com)

接下主要说明σ如何求得

首先先计算出团簇得径向数量密度ρ(r)（写代码），使用双曲函数进行拟合（gnuplot），得到液相密度

ρ_α 是液相密度和ρ_β是气相密度，气相密度可忽略不计，r为变量，r₀为常数值，可以调节函数进行拟合，得到ρ_α和ξ。

拟合脚本fit.gnu

fit.par

求Irving-Kirkwood压力张量

f_k是作用在表面上的成对分子力的法向分量，u(r_ij)是分子I和j的成对相互作用能，求导之后就是分子之间的相互作用力，包括范德华和静电（算到每个分子中原子之间的相互作用力，然后投影到质心连线，总的相加就是分子之间的力）

i，j之间可能没有穿过表面、穿过一次表面和穿过两次表面，所以这里需要有一个距离判断，r是某一个表面的半径，需要在r_min和r_max之间才会穿过表面

接着还要判断通过λ判断，是一次穿过还是两次穿过，两次穿过的话fk需要乘2

通过对P_N(r)的函数进行积分得到W的功

R_β是球体在蒸汽区的半径，P_β是蒸汽压。由于蒸气压较低，上述第二项可以省略

接着求团簇的有效半径

dr之间的数量*r³，然后从0到最大半径处积分

最后通过W和Re得到σ

成核速率

其中J₀为指前因子，ΔG*为成核势垒

###因为求Irving-Kirkwood压力张量比较耗时，建议这一步和求ΔG和J分开

参考文献

(1) Farkas, L. Keimbildungsgeschwindigkeit in übersättigten Dämpfen. Z. Phys. Chem. 1927, 125U, 236-242.

(2) Becker, R.; Döring, W. Kinetische Behandlung Der Keimbildung in übersättigten Dämpfen. Ann. Phys. 1935, 416, 719-752.

(3) Frenkel, J. Statistical Theory of Condensation Phenomena. J. Chem. Phys. 1939, 7, 200-201.

(4) Skinner, L. M.; Sambles, J. R. The Kelvin Equation—a Review. J. Aerosol Sci. 1972, 3, 199-210.

(5) Walton, J. P. R. B.; Tildesley, D. J.; Rowlinson, J. S.; Henderson, J. R. The Pressure Tensor at the Planar Surface of a Liquid. Mol. Phys. 1983, 48, 1357-1368.

(6) Li, X.; Hede, T.; Tu, Y.; Leck, C.; Ågren, H. Surface-Active cis-Pinonic Acid in Atmospheric Droplets: A Molecular Dynamics Study. J. Phys. Chem. Lett. 2010, 1, 769-773.

(7) Li, X.; Hede, T.; Tu, Y.; Leck, C.; Ågren, H. Glycine in Aerosol Water Droplets: A Critical Assessment of Köhler Theory by Predicting Surface Tension from Molecular Dynamics Simulations. Atmos. Chem. Phys. 2011, 11, 519-527.

(8) Thompson, S. M.; Gubbins, K. E.; Walton, J. P. R. B.; Chantry, R. A. R.; Rowlinson, J. S. A Molecular Dynamics Study of Liquid Drops. J. Chem. Phys. 1984, 81, 530-542.

(9) Zakharov, V. V.; Brodskaya, E. N.; Laaksonen, A. Surface Tension of Water Droplets: A Molecular Dynamics Study of Model and Size Dependencies. J. Chem. Phys. 1997, 107, 10675-10683.

(10) Vehkamäki, H.; Riipinen, I. Thermodynamics and Kinetics of Atmospheric Aerosol Particle Formation and Growth. Chem. Soc. Rev. 2012, 41, 5160-5173.

(11) Zhao, Z.; Kong, K.; Wang, S.; Zhou, Y.; Cheng, D.; Wang, W.; Zeng, X. C.; Li, H. Understanding Hygroscopic Nucleation of Sulfate Aerosols: Combination of Molecular Dynamics Simulation with Classical Nucleation Theory. J. Phys. Chem. Lett. 2019, 10, 1126-1132.

(12) Zhang, R.; Khalizov, A.; Wang, L.; Hu, M.; Xu, W. Nucleation and Growth of Nanoparticles in the Atmosphere. Chem. Rev. 2012, 112, 1957-2011.

(13) Talanquer, V.; Oxtoby, D. W. Nucleation on a Solid Substrate: A Density Functional Approach. J. Chem. Phys. 1996, 104, 1483-1492.

(14) Liu, L.; Guo, S.; Zhao, Z.; Li, H. Free Energy Prediction of Ion-Induced Nucleation of Aqueous Aerosols. J. Phys. Chem. A 2022, 126, 2407-2416.

(15) Ushcats, M. V.; Bulavin, L. A.; Sysoev, V. M.; Bardik, V. Y.; Alekseev, A. N. Statistical Theory of Condensation – Advances and Challenges. J. Mol. Liq. 2016, 224, 694-712.

！先大致列个框架，之后有时间再来补细节

介绍

大气团簇动力学代码（ACDC），是研究气相分子形成大气新粒子的工具。ACDC通过生成和求解给定环境条件下的簇出生-死亡方程来模拟分子簇和小纳米簇颗粒的动力学，从而产生簇浓度和形成速率的时间演变。
ACDC可用于：
a.使用量子化学计算得出的数据模拟不同化合物的簇形成
b.研究簇增长过程的细节（eg：增长路径）
c.通过生成合成测试数据来评估解释测量分子簇数据的实验方法
d.生成用于大规模模型的纳米颗粒形成速率数据

Run之前的准备工作

软件需求

• Perl（为code运行提供语言环境）
• Either Matlab or Fortran

可以使用Fortran或者Matlab来执行ACDC code，但是Matlab可执行的功能全一些，所以这里只介绍Matlab。（不详细解释软件的安装以及使用）

code获取

在文尾的github链接中获取ACDC的code我们主要使用目录ACDC-main\ACDC_Matlab_standard下的内容

Running the Matlab-ACDC

Matlab的工作包中包含主要程序run_steadystate_ABB.m和rates_and_deltags_ABe.m。
程序的输入参数的文件官方给了example：input_example_run_steadystate_ABB.m 和 input_example_rates_and_deltags_ABe.m，并且每一个设置都给了说明。
此外，我们还需要团簇能量文件（Energy_and_rate_files）和团簇设定文件（Cluster_set_files）。

团簇设定文件

团簇设定文件主要涉及组成团簇分子性质以及模拟本系统允许团簇长大流出的标准。


a.定义分子类型
以#（注释)开头的第一行为分子的完整名称
2-10行定义分子的名称和性质，如果非酸非碱则定义为0，碱性为-1，酸性为+1，但是这个值是相对值，酸性更强则2、3都可。
b.定义团簇
接下来的内容都是定义模拟中的分子数量，一行中不能超过一个分子的数量是范围值。
如果特定的团簇不蒸发，则在行首添加关键词：“no evap”
c.定义团簇流出体系的标准
如20、30和38行，可能有分子流进系统，也有可能有分子蒸发。不合理的生长准则选择可能会使模拟结果失真。
d.定义冷凝下沉团簇
主要针对流出模拟体系的团簇，为了防止过高估计团簇的生成速率。与外部冷凝下沉团簇不同，这主要针对体系内的团簇。

团簇能量文件

1行：计算能量时每个分子和簇类型的分压（Pa），与ACDC模拟对应的压力无关。
2行：计算能量时的温度（K）。
团簇的名称（需要与团簇设定文件里面的一致)，后面接的是吉布斯自由能（kcal/mol)，或者为相应的焓（kcal/mol)和熵（cal/mol K)。（G=H-TS)

！当研究只涉及中性团簇时，可以将团簇设定文件中涉及带电离子的团簇comment掉，可不注释带电离子的性质，因为如果团簇组成被#，带电离子就不会在程序中读取。

input_example_run_steadystate_ABB.m 和 input_example_rates_and_deltags_ABe.m文件里面都有设置说明，根据自己的需要修改就好。（有空再来补充）

Run

在Matlab中进入’\ACDC-main-tutorial\ACDC-main\ACDC_Matlab_standard\ACDC_main\‘路径下
输入rates_and_deltags_ABe(‘input_rates_and_deltags_ABe.m’)得到ΔG、蒸发速率等图像，出生-死亡方程（equations acdc.m）、速率常数（get coll.m, get evap.m etc）、运行模拟命令（driver acdc.m）。
输入run_steadystate_ABB(‘input_run_steadystate_ABB.m‘)得到不同浓度下的形成速率、团簇的生长路径等。

Citation

• This repository (https://github.com/tolenius/ACDC)
• Olenius et al.: Free energy barrier in the growth of sulfuric acid–ammonia and sulfuric acid–dimethylamine clusters, J. Chem. Phys. 139, 084312 (2013), https://doi.org/10.1063/1.4819024

邮件名

简明扼要，交代事由。

开头的称谓

Dear (courtesy title)尊称 (last name)姓 or 全称
Dear first name last name
courtesy title: Mr(男性),Mrs(已婚女性),Miss(未婚女性),Ms(已婚or未婚),Dr,Prof
完全不知道对方是谁：Dear Sir/Madam
写给某办公室：Dear xxx Office/Dear colleagues

正文

初级

正式邮件开头问候：I hope this email finds you well. This is 姓名 from 单位.
I hope you had a good weekend. 一般周一的时候用
开头表示感谢：Thanks for your email about/feedback on/your invitation/your suggestion.
如果对方很快回复，开头表示感谢：Thanks for your prompt reply.
如果自己很晚回复邮件：Sorry for my late reply.

写信目的（Writing purpose）：I am write to you with regards to…
I am writing to ask/enquire/let you know/confirm/check/invite you to/to update you on/ask for a faver..
I am contacting you to inform..
l am reaching out because…

含附件：
I’ve attached… (I have attached the signed agreement to this email)
Please find [file] attached.
The attached file contains…
Please take a look at the attached file.
Please refer to the attached file for more details.
Could you please sign the attached form and send it back to us by [date]?
If the agreement looks good to you, please sign and send it back to us.

提出请求：Could you please….?
Could you possibly tell me .. ?
I’d really appreciate it/be very grateful if you could…
It would be very helpful if you could send us/me…
I was wondering if you could/if you would be able to
If possible, I’d like to konw (more) about…
Please find my two main questions below.
At your convenience, would you please send me…..

获取他人意见或者许可：Please let me know if this is OK with you.
What do you think?
Please let me know what you think.

客套话：
Please do not hesitate to let me know if you need any help or further information.
Please feel free to let me know if you have any comments or questions.
！feel free最好不要用在下级对上级的情况
Please feel free to email me if you have any questions.
！feel free最好不要用在下级对上级的情况
Any questions feel free to let us know. ！feel free最好不要用在下级对上级的情况
Feel free to give your comments.

结尾：
Thank you very much for your kind consideration! I am sorry for any inconvenience.
Looking forward to hearing from you soon/seeing/meeting you.
Thank you in advance.
Any feedback you can give me on this would be greatly/highly/much appraciated.
Thank you for your kind consideration. ！谢谢你的善解人意
Thank you for your assistance with….
Many thanks
Again, really appreciate your help!

进阶

（简洁不是很manner）如果你给别人做事：Will do. 好的，我会去做
On it now. 我现在就开始做
Will send over a draft by the end of the day. 下班前会给您初搞
I am having trouble accessing XYZ’s site. Might have to get back to you tomorrow. Is that okay?
I have a lab report and a problem set due on the same day.Could I have an extension till Wednesday?

（简洁不是很manner）如果是自己负责的项目：Received with thank.
How’s your XXX(research paper, draft analysis, lab report) going? ！催进度
Then second half needs a bit more work. Check this report we published last quarter, and send me what you have this pm. ！你发给我的初搞后半段还得改改。我给你发一份上季度我们写的报告，你按照这个写。下午不管写到哪儿都发给我看看。

落款

Sincerely,
Best regards,
Best,
Best wishes,

上班：

1.Tom: I am going to work. Mary: Be safe. Love ya. ！强调去上班的动作。
2.I am on duty at 8:00 a.m. ！我早晨8点要值班。（在某一时间段，持续负责某件事。）
3.I have to clock in by eight a.m. ！我必须早上8点前打卡上班。
5.We are going to kick off the work next week! ！我们将在下周开工！
6.I have to get back to work. ！我要回去工作了。

下班：

1.I usually go off duty at 7 p.m. ！我通常晚上7点下班。
2.I had a long day. I didn’t get off work until 10 p.m. ！今天太忙了。忙到晚上10点才下班。
3.Don’t forget to clock out before you go. ！你走之前别忘记打卡。
4.I’m getting a bit tired now. let’s call it a day. ！我有些累了，收工吧。
5.Let’s call it a day and go to the movies. ！我们收工看电影去吧。

电话英语礼貌结束通话:

1.I’ve really got to go, I’ll get back to you when I get the office.
！我真的得走了，我到办公室再打给你。
2.Sorry, I must end the conversation. There’s someone on the other line.
！抱歉，我不能再说了。我还有另外一通电话要接。
3.Sorry, I’ve got to hang up. My wife’s waiting for me.
！抱歉，我得挂电话了。我老婆在等我。
4.I think I’d better let you go. I’ll talk to you later.
！我想我应该让你去忙了，我晚点再打给你。
5.I have to get back to work. I’ll call you later tonight.
！我要回去工作了。我今晚再打给你。
6.Shall we continue this later? I’ve got a call waiting.
！我们可不可以晚一点再继续聊？我这边有个电话打进来了。
7.It’s kind of late. Why don’t we talk about it tomorrow?
！有点晚了。我们何不明天再谈呢?
8.I’ve got to meet a client right now. Can we talk later?
！我现在要去见一个客户。我们可以晚一点再谈吗?
9.I won’t keep you any longer. ！我不耽误你时间了。
10.Sorry, it’s getting late. Can you call again tomorrow morning?
！抱歉，时候不早了。你可不可以明天早上再打来?

相关部门为你制作好了校园卡，你去取： pick up my campus card.

Markdown语法

初级

ctrl shift k 插入代码块

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# 一级标题
## 二级标题
### 三级标题

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#无序列表
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*2
*3

#有序列表
1. 1
2. 2
3. 3

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3
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5
6
7

列表可以嵌套，上一级和下一级之间敲三个空格即可。

* 一级无序列表内容

  * 二级无序列表内容
  * 二级无序列表内容
  * 二级无序列表内容

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#分割线
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**********
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> 这里是引用
**这是加粗**  !ctrl+b
__这也是加粗__
*这是倾斜*    !ctrl+i
_这也是倾斜_
***这是加粗倾斜***
~~这是加删除线~~

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#换行 
段落之间换行，可直接回车  !enter
段落内想要换行则在上一句最后添加<br>如: 你好<br>再见  !!shift+enter

你好
再见

进阶

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#给插入的链接加上名称
This is [an example](http://example.com/ "Title") inline link.
[This link](http://example.net/) has no title attribute.

效果如下： This is an example inline link.
This link has no title attribute.
注：如果想要在新页面中打开的话可以用html语言的a标签代替。
超链接名

个人网站常用命令

输入hexo new page "pagename"，新建页面
输入hexo new post "article title"，新建文章
编写完markdown文件后，文章写好之后，首先清除掉旧的数据：hexo clean
组合命令：hexo s -g 生成并本地预览
hexo d -g 生成并上传

Error

1.fatal: Could not read from remote repository.
原因：客户端与服务端未生成 ssh key or 客户端与服务端的ssh key不匹配
解决：重新生成一次ssh key，并配置好GitHub账户
1.1 生成新的ssh key

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$ ssh-keygen -t rsa -C "zhangjinhuan954@163.com" 
!这里的邮箱地址，输入注册 Github 的邮箱地址
Generating public/private rsa key pair.
Enter file in which to save the key(/c/Users/zhangjh/.ssh/id_rsa):
!回车就好 之后会要求你设置密码
Enter passphrase (empty for no passphrase):<设置密码>
Enter same passphrase again:<再次输入密码>
!成功
Your identification has been saved in /c/Users/zhangjh/.ssh/id_rsa
Your public key has been saved in /c/Users/zhangjh/.ssh/id_rsa.pub

1.2 添加SSH Key到GitHub上
找到id_rsa.pub，复制全部文本内容到github
打开github主页，右上角点击头像选中setting，继续选中左边菜单栏的SSH and GPG keys
选择New SSH key，Title最好写（内容随便），Key部分将复制内容粘贴进去就好
点击Add SSH key
1.3 测试

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$ ssh -T git@github.com
Enter passphrase for key '/c/Users/Yi/.ssh/id_rsa': <输入刚刚设置的密码>
看到“You’ve successfully authenticated…” <成功！>

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Git问题：解决“ssh:connect to host github.com port 22: Connection timed out”_ssh: connect to host 10.0.0.140 port 22: operation_人行花坞的博客-CSDN博客